O upload de arquivos do módulo filemanager obedece ao limite de bytes do post especificados no PHP. Para isso o diretório inc do filemanager tem um arquivo .htaccess com limite de 1Gb. O administrador do Apache deve garantir que .htaccess esteja funcionando. É importante (não obrigatório) que o administrador especifique um limite no admin do filemanager, e configure o mesmo limite (ou um pouco maior) neste arquivo. Para evitar que os usuários enviem arquivos muito maiores para o servidor. Como todos os arquivos php do filemanager não são processados pelo diretório inc, só o upload e download terá este novo limite.